Πέρα από τις διαδρομές στο εσωτερικό του νησιού, η πραγματική ανακάλυψη της Ιθάκης επιτυγχάνεται με ένα σκάφος. Μερικές από τις κορυφαίες παραλίες του Ιονίου κρύβονται επιμελώς και ανακαλύπτονται μόνο δια θαλάσσης. Οι παραλίες της Ιθάκης δεν είναι αμμώδεις, αλλά αποτελούνται από λεία βότσαλα, κυρίως άσπρα. Μερικές είναι σαν καθαρές λιμνούλες και μερικές είναι τόσο μικρές σαν ιδιωτικές παραλίες. Τα δέντρα φθάνουν σχεδόν μέχρι τη θάλασσα. δημιουργώντας ένα σκηνικό μοναδικής ομορφιάς που συνδυάζει το άγριο με την ησυχία.
Αετός: Στη μέση περίπου του νησιού στο βάθος του ομώνυμου κόλπου, είναι η προστατευμένη παραλία του Αετού, ιδανική για κολύμπι.
Δεξιά ή Δεξά: Στην άλλη πλευρά από την είσοδο του λιμανιού κοντά στην πόλη, ακολουθώντας τον δρόμο προς τον Αετό και τη Βόρεια Ιθάκη, συναντάμε την παραλία Δεξά. Είναι μια μικρή παραλία με καταγάλανα νερά. Είναι παραλία που έχει ‘Γαλάζια Σημαία’.
Αυτό σημαίνει εγγύηση σωστής οργάνωσης και φροντίδας για τον άνθρωπο και το περιβάλλον, καθώς εκπληρεί 27 αυστηρά κριτήρια από την Ελληνική Εταιρία Προστασίας της Φύσης (ΕΕΠΦ).
Υπάρχουν επαρκείς εγκαταστάσεις υγιεινής, εκπαιδευμένος ναυαγοσώστης σε υπηρεσία, καντίνα, άμεση πρόσβαση σε τηλέφωνο για περίπτωση ανάγκης, σωστικά εφόδια και πρώτες βοήθειες, φροντίδα για άτομα με ειδικές ανάγκες, έντυπες πληροφορίες και οδηγίες για την ακτή, τη χλωρίδα και την πανίδα στον παράκτιο χώρο κλπ.
Λούτσα: Στην είσοδο του λιμανιού στο Βαθύ, στην αριστερή πλευρά βρίσκεται η όμορφη αμμουδερή παραλία της Λούτσας κάτω από τα Ενετικά κανόνια.
Μνήματα: Στον κόλπο του Σκίνου βρίσκεται η παραλία Μνήματα, σε κοντινή απόσταση από την πόλη.
Σκίνος: Βρίσκεται στο βάθος του ομώνυμου κόλπου σε απόσταση 3χλμ από το Βαθύ. Οι δύο παραπάνω παραλίες είναι πρόκληση για τον επισκέπτη, όπου θα περάσει την ημέρα του, απολαμβάνοντας τα πεντακάθαρα νερά της θάλασσας.
Γιδάκι: Βόρεια της παραλίας Φιλιατρό, είναι το ζηλευτό Γιδάκι, που η απαράμιλλη φυσική ομορφιά του έχει ταξιδέψει σ’ όλο τον κόσμο και φιγουράρει σαν μια από τις καλύτερες και ωραιότερες παραλίες της Ελλάδας. Εδώ ο επισκέπτης απολαμβάνει τον ήλιο και τη θάλασσα, αγναντεύοντας τα παράλια της Στερεάς Ελλάδας και τα αντικρινά ακατοίκητα νησάκια. Πρόσβαση με σκάφος ή από τον Σκίνο με τα πόδια από μονοπάτι.
Φιλιατρό: Στην ίδια πλευρά, βρίσκεται η όμορφη παραλία του Φιλιατρού στον ομώνυμο κόλπο, όπου συγκεντρώνει ντόπιους και ξένους επισκέπτες, προσφέροντάς τους θαλάσσια σπορ, ξεγνοιασιά, ηρεμία και απόλαυση.
Σαρακήνικο: Ανατολικότερα από το Βαθύ, είναι ο κόλπος του Σαρακήνικου με την ομώνυμη παραλία, όπου τα καταγάλανα νερά της θάλασσας χαλαρώνουν τον ταξιδευτή επισκέπτη.
Καμίνια: Στο ΝΑ τμήμα της Ιθάκης κοντά στο Νησόπουλο, είναι η όμορφη παραλία των Καμινίων.
Άντρι: Στο βάθος του υπήνεμου όρμου είναι μια μικρή αλλά όμορφη παραλία.
Πίσω Αετός: Διαμετρικά αντίθετα από τον Αετό, στη νοτιοδυτική πλευρά της Ιθάκης, βρίσκεται μία ακόμα όμορφη παραλία. Ο λουόμενος απολαμβάνει την καθαρή θάλασσα, ηρεμία και ησυχία. Εδώ είναι και το μικρό λιμάνι του Πίσω Αετού, που εξυπηρετεί την συγκοινωνία μεταξύ Ιθάκης-Κεφαλονιάς-Πάτρας και Ιθάκης-Κεφαλονιάς-Λευκάδας και Αστακού.
Άσπρος Γιαλός: Στη δυτική πλευρά του νησιού, κοντά στο χωριό Άγιος Ιωάννης βρίσκεται η πανέμορφη πεντακάθαρη ακρογιαλιά και η αμμουδιά του Άσπρου Γιαλού. Εδώ συνδυάζεται το πράσινο χρώμα του όρους Νήριτον με το γαλάζιο του πελάγους. Οι παραθεριστές επιλέγουν αυτή την παραλία για να απολαύσουν την θάλασσα και ηρεμία.
Δρόμος 3 χλμ περίπου από τη Λεύκη οδηγεί στο χωριό Άγιος Ιωάννης και την παραλία Άσπρος Γιαλός.
Από τη Λεύκη μονοπάτια οδηγούν σε διάφορες μικρές αμμουδιές, όπως τα Μιλιτερά και το Κουτούπι.
Πόλη: Κάτω από τον Σταυρό, στον ομώνυμο κόλπο, είναι η παραλία της Πόλης, όπου υπάρχει υπήνεμο λιμανάκι, αγκυροβόλιο για τις πολλές ψαρόβαρκες της ευρύτερης περιοχής. Στο βυθό της Πόλης βρίσκονται ερείπια αρχαίας πόλης, η οποία καταποντίστηκε. Στην βόρεια πλευρά του λιμανιού, είναι η Ομηρική Σπηλιά του Λοΐζου η οποία καταστράφηκε από τους σεισμούς. Εδώ μπορεί να απολαύσει κανείς τον ίσκιο και τη δροσιά που χαρίζουν οι πανύψηλες Λεύκες.
Στην Πόλη υπάρχει πάρκιν αυτοκινήτων, καντίνα και τουαλέτες.
Αμμούδι: Δίπλα από το λιμάνι της Πόλης, η μικρή αμμουδιά Αμμούδι, είναι κρυμμένη από κάθε βλέμμα και προσφέρει ησυχία και ηρεμία. Πρόσβαση από την Πόλη με σκάφος σε 10 λεπτά.
Κεραμαργειό: Στη δυτική πλευρά του κόλπου των Αφαλών μετά το περιβόλι η πολύ μικρή αυτή βοτσαλοπαραλία προσφέρει κάτι το απόλυτα ερημικό και απομονωμένο.
Περιβόλι: Μέσω μιας σχετικά δύσκολης πρόσβασης αλλά όμορφης διαδρομής φτάνει κανείς στην ερημική παραλία Περιβόλι. Μικρή παραλία με πανέμορφα καθαρά νερά
Κουλούμι: Δυτικά τη παραλίας των Αφαλών, σε απόσταση 100μ περίπου, διανύοντας απόκρημνη ακτή, φτάνεις στην όμορφη παραλία Κουλούμι. Πρόσβαση με σκάφος από Πόλη, Φρίκες, Κιόνι.
Αφάλες: Από τον Πλατρειθιά (Λίμνες) παίρνουμε το δρόμο για Αφάλες.
Διασχίζοντας μια ονειρική τοποθεσία με βλάστηση ‘τροπικού τόπου’ φτάνει κανείς στην θαυμάσια θάλασσα του κόλπου των Αφαλών. Πανέμορφος τόπος με βοτσαλωτή παραλία και βραχώδεις ακτές που κρύβουν ακόμα δύο ερημικές παραλίες, γι’ αυτούς που ζητούν την απόλυτη ηρεμία. Στον κόλπο των Αφαλών υπάρχουν παραλίες, στις οποίες μπορεί να φτάσει κανείς μόνο με σκάφος. Οι παραλίες αυτές με θαυμάσια βότσαλα και άμμο, είναι ότι καλύτερο μπορεί να αναζητήσει κάποιος στις διακοπές του. Υπέροχα γαλάζια νερά με τους πανύψηλους γκρεμούς να προσφέρουν ίσκιο σε πολλά σημεία στις παραλίες που είναι ιδιαίτερα πολυσύχναστες τον Αύγουστο.
Αμμουδάκι και Ποντικός: 2 πολύ μικρές παραλίες πολύ κοντά, μετά τις Αφάλες για απόλυτη ηρεμία.
Κάθισμα: Πολύ μικρή ερημική παραλία, απέναντι από την παραλία των Αφαλών, με πρόσβαση από Φρίκες, Πόλη, Κιόνι με σκάφος.
Πλατύς Άμμος: Μεγάλη και όμορφη παραλία. Συνδυάζει άμμο και θαυμάσιο βότσαλο, πεντακάθαρα νερά.
Εδώ χρειάζεται προσοχή από πιθανές κατολισθήσεις.
Θεωρείται μία από τις καλύτερες παραλίες της Ιθάκης και της Ελλάδας. Πρόσβαση μόνο με σκάφος.
Το καλοκαίρι, ιδιαίτερα τον Αύγουστο η παραλία γεμίζει από σκάφη όλων των τύπων, βαρκούλες, ιστιοφόρα, κότερα και πανάκριβες θαλαμηγοί φθάνουν από τις Φρίκες, το Κιόνι, το Βαθύ, το Φισκάρδο και διάφορα άλλα μέρη.
Συκιά: Ιδανική παραλία με βότσαλο και άμμο για απομόνωση. Η παραλία αυτή έχει ίσκιο καθ’ όλη τη διάρκεια της ημέρας. Πρόσβαση με σκάφος.
Βουκέντι: Μικρή παραλία με βότσαλα και πεντακάθαρα νερά. Πρόσβαση με σκάφος.
Αλυκές: Παραλία ΑλυκέςΠαραλία με βότσαλα και καθαρή θάλασσα. Δέκα μόλις μέτρα πίσω από την παραλία, υπάρχει μία μικρή λασπολίμνη. Πριν από λίγα χρόνια ήταν ιδανική για λασπόλουτρα.
Ρομποτής (Μάρμακας): Οι μεγάλοι ευκάλυπτοι κοντά στη θάλασσα, κατά μήκος της όμορφης παραλίας προσφέρουν φυσικό ίσκιο και δροσιά.
Τρία μούδια: Τρεις μικρές συνεχόμενες παραλίες με άγριο βότσαλο, σε μικρό όρμο πολύ κοντά στις Φρίκες, προσελκύουν αυτούς που αναζητούν ερημιά και ησυχία. Πρόσβαση με σκάφος από Φρίκες, Κιόνι. Βαθύ.
Βαθυ αμμούδι: Άλλη μια μικρή παραλία κοντά στο λιμάνι των Φρικών. Πρόσβαση με σκάφος.
Λιμένια και Πέρα Λιμένια: Δίπλα στις Φρίκες είναι η όμορφη παραλία στα Λιμένια, που πίσω της απλώνεται μια ελαιοφυτεία που προσφέρει δροσιά στους λουόμενους.
Μετά τα Λιμένια βρίσκεται η μικρή παραλία Πέρα Λιμένια. Πρόσβαση με σκάφος ή από τις Φρίκες από το μονοπάτι.
Κουρβούλια, Πίσω Κουρβούλια, Τσιτσιμίδα, Πλακούτσες: Συνεχόμενες μικρές πολυσύχναστες παραλίες κατά μήκος του παραλιακού δρόμου από Φρίκες –Κιόνι, φημισμένες για τα δροσερά νερά περιζήτητα τους ζεστούς καλοκαιρινούς μήνες.
Μαυρωνάς: Μικρή βοτσαλωτή παραλία. Ο κόλπος του Μαυρωνά είναι και καταφύγιο μικρών σκαφών. Πρόσβαση από τη Ράχη Κιονίου.
Κιόνι: Στον όρμου του Κιονιού οι μικρές παραλίες με τα καθαρά νερά προσελκύουν καθημερινά το καλοκαίρι τους επισκέπτες του χωριού.
Κριτάμι: Βγαίνοντας από το Κιόνι προς το νοτιά, μετά τον κάβο του Άη Λια με το ομώνυμο εκκλησάκι, είναι η μικρή παραλία με όμορφο βότσαλο και γαλανά νερά, που περιμένει τον επισκέπτη για ξεκούραση.
Κοτσύφι: Μικρή παραλία κατά μήκος της ακτής από τον Άη Λια προς τον Αετό, ιδανική για ησυχία, ερημιά και απομόνωση